Les points de fonction ont mauvaise réputation auprès des défenseurs de la méthode Agile. Même s'ils ont souvent été utilisés par le passé, il sont aujourd'hui considérés comme obsolètes. Il est vrai que les storys points sont en règle général préférés aux points de fonction avec cette méthode, car les points de fonction présentent certains défis. Ils présentent également des bénéfices incomparables. Mais il existe des méthodes permettant d'atténuer ces difficultés. D'ailleurs, la plateforme Estimancy permet même de d'automatiser l'estimation de projets logiciels agiles.